El cabezal de aplicación provee información sobre el mensaje en si mismo.

Varia respecto de si el mensaje es GPA o FIN y respecto de si es un mensaje emitido o bien recibido. Esta última distinción se realiza siempre respecto de SWIFT; un mensaje emitido sera un mensaje de tipo INPUT hacia SWIFT,  y uno recibido será de tipo OUTPUT desde SWIFT.

Input

Para mensajes emitidos, ingresados a SWIFT, el Application Header describe el tipo de mensaje, su destinatario y la manera en que debe ser entregado.

El siguiente es un ejemplo de cabezal de input:

(a) Block Identifier
El identificador de bloque es siempre '2:'.

(b) Input/Output Identifier
Para mensajes de input es la letra 'I'.

(c) Message Type
El tipo de mensaje conformado por 3 dígitos identificando el mensaje que esta siendo enviado. En el ejemplo se trata de un MT 103, transferencia de cliente.

(d) Receiver's Address
Dirección del destinatario conformada por 12 caracteres, con caracteres 'X' en la identificación del LT. El sistema reemplaza automáticamente las 'X' con un código de LT específico al entregar el mensaje acorde con el control de entrega del receptor.
El código de filial (rama, sucursal) es mandatorio y validado. El valor por defecto que puede ser utilizado en caso de que no aplique es 'XXX'.

(e) Message Priority
Indica la prioridad del mensaje entregado, los valores posibles son:
S = System
U = Urgent
N = Normal

(f) Delivery Monitoring
Indicación de monitoreo de entrega. Esto solo aplica para mensajes de tipo FIN de usuario-a-usuario. Se expresa con un dígito y las opciones posibles son las siguientes:
1 = Non-Delivery Warning
2 = Delivery Notification
3 = Non-Delivery Warning and Delivery Notification.

Existen algunas restricciones para la combinación entre prioridad y monitoreo de entrega. Si el mensaje tiene una prioridad 'U' entonces debe ser solicitado el monitoreo de entrega '1' o '3'. Si el mensaje tiene prioridad 'N', entonces puede solicitarse monitoreo de entrega '2', o bien dejar la opción en blanco significando que no se solicita monitoreo de entrega.

(g) Obsolescence Period
Define el periodo de tiempo luego del cual el trailer de mensaje demorado (Delayed Message, DLM) será agregado al mensaje FIN usuario-a-usuario. Para mensajes de prioridad urgente es tambien el periodo a partir del cual el mensaje se considera no entregado y se genera la advertencia de no entrega (Non-Delivery Warning). Los valores posibles son:
003 (15 minutes) para prioridad 'U',
020 (100 minutes) para prioridad 'N'.

Output

Para los mensajes recibidos, salientes de SWIFT, el Application Header define el tipo de mensaje, quien lo envió, cuando lo envió y cuando fue entregado.
El siguiente es un ejemplo de cabezal de output.

(a) Block Identifier
El identificador de bloque es siempre '2:'.

(b) Input/Output Identifier
Para mensajes de output es la letra 'O'.

(c) Message Type
El tipo de mensaje conformado por 3 dígitos identificando el mensaje que esta siendo enviado. En el ejemplo se trata de un MT 103, transferencia de cliente.

(d) Input Time
La hora de envío del mensaje respecto del emisor y expresada como HHMM.
Si el mensaje es de sistema contiene la hora en que el mismo fue generado respecto de Greenwich Mean Time (GMT).

(e) MIR
Todo mensaje tiene asignado un MIR unívoco. Consiste de un string de 28 caracteres con la fecha de envío, relativa al emisor,  la dirección SWIFT del emisor, su sesión e ISN.

Si el mensaje es de sistema el MIT contiene como dirección una Pseudo-Logical Terminal (PLT), por ejemplo, DYLRXXXXXXXX, identificando como emisor a la suite particular de programas que generaron el mensaje dentro del sistema. la fecha es la de generación del mensaje respecto de GMT.

(f) Output Date
La fecha de recepción del mensaje relativa al receptor y expresada como YYMMDD.

(g) Output Time
La hora de recepción del mensaje relativa al receptor y expresada como HHMM

(h) Message Priority
La prioridad del mensaje.